Несмотря на полезные свойства, кефир или йогурт не всегда могут обеспечить тот же уровень эффективности, что и специализированные пробиотики. Количество и разнообразие пробиотических штаммов в них может быть ниже, чем в препаратах, содержащих конкретные штаммы, отобранные для терапевтического эффекта.